More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2757 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 326 aa  665    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  93.16 
 
 		 307 aa  587  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.38 
 
 		 299 aa  449  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.71 
 
 		 290 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.55 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.36 
 
 		 290 aa  256  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.36 
 
 		 290 aa  256  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.01 
 
 		 290 aa  255  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 290 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.58 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.01 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.01 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.01 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.01 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.97 
 
 		 290 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.28 
 
 		 290 aa  243  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.26 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.72 
 
 		 292 aa  240  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.62 
 
 		 293 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.13 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.62 
 
 		 293 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.62 
 
 		 293 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.64 
 
 		 304 aa  238  8e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.53 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.02 
 
 		 293 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.26 
 
 		 292 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.81 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.81 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.81 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.45 
 
 		 290 aa  237  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.81 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.89 
 
 		 295 aa  236  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.32 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.72 
 
 		 293 aa  235  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  37.37 
 
 		 294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  39.06 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.47 
 
 		 296 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.47 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  41.47 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.47 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.47 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.47 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.78 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.14 
 
 		 290 aa  232  6e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.14 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.14 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.44 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.47 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.54 
 
 		 293 aa  228  9e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.88 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  37.63 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.06 
 
 		 290 aa  219  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  37.41 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  28.97 
 
 		 294 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 288 aa  110  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 321 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 288 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 288 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 303 aa  106  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 286 aa  106  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 322 aa  105  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 291 aa  105  8e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  31.45 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  29.44 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>