More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0187 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 322 aa  650    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 336 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1403  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 335 aa  287  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 337 aa  279  4e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  31.4 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01945  transcriptional regulator CysB  30.17 
 
 		 324 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00567188  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  33.1 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  31.97 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1537  transcriptional regulator CysB  28.85 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000242596  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1739  transcriptional regulator CysB-like protein  30.51 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000279611  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0621  transcriptional regulator CysB-like protein  30.72 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  31.19 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  30.54 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  27.85 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2649  transcriptional regulator CysB  28.15 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1662  transcriptional regulator CysB  28.15 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0319237  unclonable  0.0000181404 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1731  transcriptional regulator CysB  28.15 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00171097  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1587  transcriptional regulator CysB  28.15 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.296126  normal  0.104148 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  29.83 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  30.74 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1583  transcriptional regulator CysB  29.89 
 
 		 325 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1379  transcriptional regulator CysB-like protein  32.32 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  30.54 
 
 		 306 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  31.88 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  30.07 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  0.00000124662 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01793  transcriptional regulator CysB  27.85 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1624  transcriptional regulator CysB  28.81 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.239161  normal  0.11593 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2691  transcriptional regulator CysB-like protein  32.03 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.644017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2231  transcriptional regulator CysB-like protein  31.67 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  31.88 
 
 		 319 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  27.8 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0620  transcriptional regulator CysB-like protein  31.32 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0418657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2248  transcriptional regulator CysB  28.05 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.841929  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2341  transcriptional regulator CysB  28.52 
 
 		 335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00664929 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 314 aa  127  4.0000000000000003e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  28.57 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  28.15 
 
 		 324 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1967  transcriptional regulator CysB-like protein  31.65 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  29.64 
 
 		 313 aa  126  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3535  transcriptional regulator CysB-like protein  31.9 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2839  transcriptional regulator CysB  28.15 
 
 		 324 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  hitchhiker  0.00000219555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  27.18 
 
 		 324 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  32.44 
 
 		 327 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 316 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  29.29 
 
 		 313 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1200  transcriptional regulator CysB  29.49 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.16 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  30.2 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1805  transcriptional regulator CysB  27.81 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  0.0101242 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4926  transcriptional regulator CysB-like protein  31.79 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1450  transcriptional regulator CysB  27.03 
 
 		 325 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000786748  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  30.14 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 292 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  30.2 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1735  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6344  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552099  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 354 aa  123  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2494  transcriptional regulator CysB  27.21 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1857  transcriptional regulator CysB  27.21 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00369362  decreased coverage  0.00000000217707 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>