More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0620 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0620  transcriptional regulator CysB-like protein  100 
 
 		 313 aa  640    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0418657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  73.16 
 
 		 313 aa  495  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2691  transcriptional regulator CysB-like protein  71.88 
 
 		 313 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.644017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2698  transcriptional regulator CysB-like protein  73.48 
 
 		 313 aa  488  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  71.57 
 
 		 313 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2231  transcriptional regulator CysB-like protein  71.88 
 
 		 313 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2393  transcriptional regulator CysB-like protein  68.69 
 
 		 313 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2525  transcriptional regulator CysB-like protein  68.69 
 
 		 313 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2481  transcriptional regulator CysB-like protein  68.05 
 
 		 313 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2476  transcriptional regulator CysB-like protein  68.05 
 
 		 313 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14516  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  68.05 
 
 		 313 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0818  transcriptional regulator CysB-like protein  68.05 
 
 		 313 aa  464  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0662  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.631688  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1663  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1012  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1165  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1005  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2936  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5807  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0813  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2349  transcriptional regulator CysB-like protein  67.41 
 
 		 313 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0969  transcriptional regulator CysB-like protein  66.13 
 
 		 313 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  65.81 
 
 		 313 aa  447  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2236  transcriptional regulator CysB-like protein  65.18 
 
 		 313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1582  transcriptional regulator CysB-like protein  56.9 
 
 		 308 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.610687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1605  transcriptional regulator CysB-like protein  56.9 
 
 		 308 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339549  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1125  transcriptional regulator CysB-like protein  56.57 
 
 		 308 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1632  transcriptional regulator CysB-like protein  56.57 
 
 		 308 aa  359  4e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4743  transcriptional regulator CysB-like protein  56.57 
 
 		 308 aa  358  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.217696  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3166  transcriptional regulator CysB-like protein  55.27 
 
 		 313 aa  358  8e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1721  transcriptional regulator CysB-like protein  55.59 
 
 		 313 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1521  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1777  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2466  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1501  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33535  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3535  transcriptional regulator CysB-like protein  53.99 
 
 		 326 aa  356  2.9999999999999997e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820033 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1625  transcriptional regulator CysB-like protein  55.93 
 
 		 308 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.879627  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1917  transcriptional regulator CysB-like protein  55.27 
 
 		 313 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.832664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2173  transcriptional regulator CysB-like protein  54.46 
 
 		 314 aa  354  8.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  55.89 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4926  transcriptional regulator CysB-like protein  53.99 
 
 		 313 aa  354  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2726  transcriptional regulator CysB-like protein  53.35 
 
 		 313 aa  354  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  55.56 
 
 		 308 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1946  transcriptional regulator CysB-like protein  52.05 
 
 		 317 aa  351  7e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.226921  normal  0.0811949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  53.75 
 
 		 311 aa  351  8e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  52.94 
 
 		 320 aa  351  1e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  52.94 
 
 		 320 aa  351  1e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 354 aa  348  5e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2404  transcriptional regulator CysB-like protein  53.5 
 
 		 314 aa  348  6e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.044463  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  51.63 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  53.38 
 
 		 311 aa  347  2e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  0.00000124662 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 312 aa  344  8.999999999999999e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  52.94 
 
 		 319 aa  342  4e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  52.61 
 
 		 319 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  51.96 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1379  transcriptional regulator CysB-like protein  51.62 
 
 		 316 aa  335  5e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  50 
 
 		 313 aa  334  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  53.95 
 
 		 306 aa  334  1e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  52.79 
 
 		 308 aa  333  3e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2599  transcriptional regulator CysB-like protein  51.27 
 
 		 321 aa  331  9e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.174943 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1967  transcriptional regulator CysB-like protein  51.32 
 
 		 315 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  49.51 
 
 		 312 aa  329  3e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  49.52 
 
 		 313 aa  325  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2112  transcriptional regulator CysB-like protein  54.69 
 
 		 317 aa  325  5e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0621  transcriptional regulator CysB-like protein  48.7 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0061  transcriptional regulator, LysR family  53.02 
 
 		 314 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1739  transcriptional regulator CysB-like protein  51 
 
 		 314 aa  321  9.999999999999999e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000279611  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0071  LysR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1236  transcriptional regulator, LysR family  95.06 
 
 		 197 aa  315  7e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.467034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3039  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 309 aa  311  6.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.0769631 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1658  transcriptional regulator Cbl  48.06 
 
 		 316 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000765107  normal  0.0208007 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2831  transcriptional regulator Cbl  48.06 
 
 		 316 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000101541  normal  0.682702 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  45.75 
 
 		 326 aa  305  8.000000000000001e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828749 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01897  DNA-binding transcriptional activator of cysteine biosynthesis  48.06 
 
 		 316 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000685239  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1668  transcriptional regulator, LysR family  48.06 
 
 		 316 aa  300  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000112362  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0971  transcriptional regulator Cbl  48.06 
 
 		 316 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000168411  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01886  hypothetical protein  48.06 
 
 		 316 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000554591  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2269  transcriptional regulator Cbl  47.74 
 
 		 316 aa  298  6e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000889139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1137  transcriptional regulator Cbl  47.74 
 
 		 316 aa  298  6e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142733  hitchhiker  0.0000552963 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  45.87 
 
 		 333 aa  298  7e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0963  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 308 aa  298  8e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2110  transcriptional regulator Cbl  47.74 
 
 		 316 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.3178700000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  45.07 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41870  transcriptional regulator CysB  44.74 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  44.74 
 
 		 324 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  44.3 
 
 		 323 aa  293  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  44.74 
 
 		 324 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  44.74 
 
 		 324 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3553  transcriptional regulator CysB  44.74 
 
 		 324 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23140  transcriptional regulator CysB  44.74 
 
 		 324 aa  292  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  44.41 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  44.41 
 
 		 324 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  44.74 
 
 		 324 aa  289  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  43.75 
 
 		 324 aa  289  3e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>