More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0287 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 294 aa  608  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  80.34 
 
 		 290 aa  494  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  79.66 
 
 		 290 aa  481  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  80.21 
 
 		 290 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.22 
 
 		 290 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.22 
 
 		 290 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.22 
 
 		 290 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.22 
 
 		 290 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.41 
 
 		 290 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.92 
 
 		 290 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.07 
 
 		 290 aa  450  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.07 
 
 		 290 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  70.69 
 
 		 290 aa  443  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.9 
 
 		 290 aa  428  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  69.34 
 
 		 292 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  64.81 
 
 		 293 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.42 
 
 		 292 aa  328  5.0000000000000004e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.39 
 
 		 293 aa  324  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  55.1 
 
 		 304 aa  312  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.63 
 
 		 296 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.38 
 
 		 295 aa  306  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.94 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.06 
 
 		 295 aa  300  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 296 aa  298  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.58 
 
 		 295 aa  298  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.58 
 
 		 295 aa  298  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.58 
 
 		 295 aa  298  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.67 
 
 		 293 aa  298  8e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.67 
 
 		 293 aa  298  8e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.67 
 
 		 293 aa  298  8e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  53.24 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  53.24 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  53.24 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.26 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 296 aa  297  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.63 
 
 		 296 aa  297  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 295 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.29 
 
 		 297 aa  296  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 296 aa  295  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.55 
 
 		 298 aa  279  4e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.5 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  45.49 
 
 		 296 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.37 
 
 		 290 aa  265  5.999999999999999e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.71 
 
 		 284 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.99 
 
 		 294 aa  249  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.32 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.34 
 
 		 293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.28 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.98 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.16 
 
 		 299 aa  221  8e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  37.41 
 
 		 326 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  37.41 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 301 aa  104  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4763  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 294 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 306 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 307 aa  99.4  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 286 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  29.92 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 314 aa  98.2  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  29.75 
 
 		 332 aa  97.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 309 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  29.51 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 303 aa  96.3  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 293 aa  96.7  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  96.3  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 303 aa  95.9  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 326 aa  95.9  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 296 aa  95.9  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3071  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  95.9  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0185768  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 294 aa  95.5  8e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.25 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  27.41 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>