More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4148 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  99.66 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  99.66 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  99.66 
 
 		 296 aa  607  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  99.66 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  99.66 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  99.66 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 296 aa  609  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  98.99 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  98.99 
 
 		 296 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  97.97 
 
 		 295 aa  571  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  97.97 
 
 		 295 aa  571  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  97.97 
 
 		 295 aa  571  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  97.63 
 
 		 295 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  96.62 
 
 		 296 aa  567  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  97.27 
 
 		 295 aa  563  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.72 
 
 		 304 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.74 
 
 		 296 aa  431  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.38 
 
 		 293 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.38 
 
 		 293 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.38 
 
 		 293 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.49 
 
 		 296 aa  428  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  71.33 
 
 		 295 aa  414  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.04 
 
 		 295 aa  408  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.07 
 
 		 292 aa  327  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 290 aa  322  6e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 290 aa  321  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.29 
 
 		 290 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 290 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.9 
 
 		 290 aa  317  1e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.22 
 
 		 290 aa  315  6e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.22 
 
 		 290 aa  315  6e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.22 
 
 		 290 aa  315  6e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.22 
 
 		 290 aa  315  7e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 290 aa  308  8e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.88 
 
 		 290 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.17 
 
 		 293 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.19 
 
 		 290 aa  296  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.21 
 
 		 292 aa  291  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  46.23 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.37 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.39 
 
 		 294 aa  269  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.44 
 
 		 284 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.58 
 
 		 290 aa  247  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.37 
 
 		 293 aa  241  7.999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.47 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.41 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.61 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.53 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 308 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 308 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 297 aa  102  8e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.01 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 303 aa  99.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 301 aa  99.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 335 aa  99  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  28.67 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 318 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.5 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>