More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2087 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  612  9.999999999999999e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.1 
 
 		 290 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 297 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 297 aa  316  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 306 aa  315  8e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  52.07 
 
 		 290 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 292 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 292 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 292 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 292 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  52.41 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  51.7 
 
 		 296 aa  295  7e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 321 aa  295  8e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 		 286 aa  261  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 295 aa  254  9e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 290 aa  242  5e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 278 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 294 aa  169  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  31.88 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  31.8 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 319 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 319 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.13 
 
 		 329 aa  132  7.999999999999999e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30.29 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  30.62 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.9 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  29.88 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.9 
 
 		 314 aa  125  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  31.48 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0332  hypothetical protein  31.88 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 316 aa  124  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 322 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 336 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  30.9 
 
 		 322 aa  122  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  30.21 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  29.86 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  30.04 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2329  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1242  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00379242  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>