More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0497 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  598  1e-170  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2695  LysR substrate-binding protein  31.14 
 
 		 360 aa  188  9e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0747984  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  24.91 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.83 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  26.64 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  25.61 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  24.22 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.13 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  24.57 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.13 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.13 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  25.26 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  26.13 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.13 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.13 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 327 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  23.88 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 327 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  24.83 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  24.22 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  23.88 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 320 aa  115  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  24.57 
 
 		 331 aa  115  6e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 337 aa  115  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 334 aa  115  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 314 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>