More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2172 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  591  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  96.21 
 
 		 290 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  87.85 
 
 		 306 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  84.78 
 
 		 292 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  84.72 
 
 		 292 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  84.08 
 
 		 292 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  84.72 
 
 		 292 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  85.42 
 
 		 293 aa  501  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 297 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  82.29 
 
 		 297 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  81.47 
 
 		 294 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  61.46 
 
 		 296 aa  355  3.9999999999999996e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 321 aa  338  4e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 299 aa  314  9e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  52.63 
 
 		 286 aa  291  8e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 293 aa  286  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 290 aa  236  3e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 291 aa  236  4e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 278 aa  230  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 290 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  34.26 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.3 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.96 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  32.3 
 
 		 322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  33.68 
 
 		 323 aa  139  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  137  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.93 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.53 
 
 		 329 aa  135  9e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.93 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 336 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 295 aa  132  6.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.11 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.27 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 329 aa  122  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 322 aa  122  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  29.21 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.45 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  28.87 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  30.52 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 337 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  27.1 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.87 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>