More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2695 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2695  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 360 aa  724    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0747984  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  123  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 310 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 303 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  25.09 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.32 
 
 		 298 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.12 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.32 
 
 		 298 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.32 
 
 		 298 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 308 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.84 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2948  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.871741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2921  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.493083  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.93 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  29.21 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  28.28 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3170  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3178  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 296 aa  110  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3164  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 292 aa  110  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00370809  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2085  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  28.32 
 
 		 308 aa  110  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 297 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 300 aa  109  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  27.84 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 307 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.67 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0641  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  28.24 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 315 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 297 aa  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 299 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.22 
 
 		 293 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>