More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3960 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  652    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  85.06 
 
 		 318 aa  541  1e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 298 aa  238  9e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  28.34 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  28.34 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 329 aa  122  8e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  28.34 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  28.66 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.17 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  29.33 
 
 		 331 aa  116  3.9999999999999997e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 289 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  29.05 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  30.07 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.81 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.13 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  28.72 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.28 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  28.73 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  29.39 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2695  LysR substrate-binding protein  28.96 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0747984  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>