More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0223 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  617  1e-176  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  61.03 
 
 		 699 aa  338  8e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 308 aa  291  1e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  36.8 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  29.73 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  29.73 
 
 		 299 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  29.39 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  30.61 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  29.39 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  29.05 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  124  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 319 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 291 aa  119  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 320 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  27.49 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 283 aa  112  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.77 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2695  LysR substrate-binding protein  28.08 
 
 		 360 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0747984  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 321 aa  109  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 283 aa  109  6e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>