More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1668 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  610  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  92.41 
 
 		 290 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  78.89 
 
 		 305 aa  472  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  79.3 
 
 		 289 aa  461  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  79.3 
 
 		 289 aa  461  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  79.3 
 
 		 289 aa  461  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2410  transcriptional regulator, LysR family  63.29 
 
 		 287 aa  375  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.975942  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2310  transcriptional regulator, LysR family  58.89 
 
 		 287 aa  319  3e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  55.32 
 
 		 290 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 293 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 290 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 289 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 293 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  52.84 
 
 		 293 aa  308  8e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  52.48 
 
 		 293 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 		 293 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 293 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 293 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  52.48 
 
 		 293 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 288 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 288 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 288 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 295 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.6 
 
 		 291 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 		 293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  52.26 
 
 		 292 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  49.82 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  49.82 
 
 		 290 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  49.82 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  49.82 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  49.82 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 297 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 297 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 297 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 297 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 297 aa  285  8e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 314 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 305 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10830  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 291 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 302 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  41.67 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 284 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  42.32 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  41.18 
 
 		 288 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  40.07 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 341 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  43.53 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 341 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 341 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  43.53 
 
 		 341 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 337 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  37.41 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.97 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0272  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5316  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.680979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 288 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 288 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 288 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5127  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  41.94 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5034  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 283 aa  169  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 283 aa  168  8e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 283 aa  168  8e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1652  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0547251  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 283 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>