More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1008 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 293 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  56.9 
 
 		 297 aa  337  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  58.02 
 
 		 293 aa  321  8e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.58 
 
 		 294 aa  308  6.999999999999999e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.06 
 
 		 290 aa  256  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.75 
 
 		 290 aa  256  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.75 
 
 		 290 aa  255  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.75 
 
 		 290 aa  255  6e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.1 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.76 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.76 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.76 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.76 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.06 
 
 		 290 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.52 
 
 		 292 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.07 
 
 		 298 aa  251  7e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.56 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.36 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.15 
 
 		 290 aa  245  8e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.88 
 
 		 295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.88 
 
 		 295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.88 
 
 		 295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.84 
 
 		 296 aa  243  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.69 
 
 		 297 aa  242  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 295 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 295 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  43.54 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  43.54 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.47 
 
 		 290 aa  241  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  41.38 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.03 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.47 
 
 		 290 aa  240  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.71 
 
 		 292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.84 
 
 		 304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 296 aa  239  5e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.18 
 
 		 296 aa  238  6.999999999999999e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.03 
 
 		 295 aa  238  9e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.02 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.05 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43 
 
 		 284 aa  236  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.32 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.5 
 
 		 299 aa  235  7e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.3 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.21 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.88 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.54 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.58 
 
 		 290 aa  222  7e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  29.82 
 
 		 314 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2193  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.35809  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 308 aa  99  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 305 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 305 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  92.4  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 314 aa  92  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 312 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 326 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>