More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2540 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 294 aa  608  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.58 
 
 		 293 aa  315  7e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.58 
 
 		 293 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.55 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.18 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  43.4 
 
 		 296 aa  252  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.3 
 
 		 290 aa  249  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.96 
 
 		 290 aa  246  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.96 
 
 		 290 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 290 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.3 
 
 		 290 aa  241  9e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.71 
 
 		 290 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 290 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 290 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 290 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 290 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.28 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.32 
 
 		 326 aa  236  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.46 
 
 		 290 aa  234  9e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.12 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.16 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.81 
 
 		 293 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.32 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.3 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.93 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 296 aa  228  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.42 
 
 		 296 aa  227  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  42.61 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  42.61 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.27 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.27 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.27 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.22 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.27 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.92 
 
 		 295 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.55 
 
 		 290 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.28 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.83 
 
 		 290 aa  224  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.96 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.96 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.96 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.25 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.07 
 
 		 284 aa  221  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.32 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.45 
 
 		 296 aa  215  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.92 
 
 		 296 aa  215  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.02 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.74 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 318 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  26.3 
 
 		 292 aa  97.1  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 303 aa  95.9  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 303 aa  95.9  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 307 aa  95.9  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 286 aa  95.5  9e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 294 aa  95.5  9e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.09 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.09 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.09 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.09 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 299 aa  92.8  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 290 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 301 aa  92.4  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.09 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.09 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 314 aa  92  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.02 
 
 		 289 aa  92  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>