More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1618 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
311 aa  606  9.999999999999999e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  75.08 
 
 
301 aa  369  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  62.66 
 
 
309 aa  354  8.999999999999999e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  66.33 
 
 
319 aa  351  8.999999999999999e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  68.73 
 
 
298 aa  350  1e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  62.89 
 
 
294 aa  331  1e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  61.77 
 
 
285 aa  265  5.999999999999999e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  50.89 
 
 
343 aa  238  1e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 
303 aa  204  1e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
296 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
296 aa  204  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
296 aa  203  3e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 
290 aa  198  1.0000000000000001e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 
289 aa  196  6e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 
295 aa  195  8.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  42.71 
 
 
287 aa  182  7e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 
296 aa  153  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  39.01 
 
 
306 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
294 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
292 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 
295 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 
300 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 
302 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 
350 aa  142  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
292 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
316 aa  142  8e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
300 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 
300 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 
301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
310 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
300 aa  139  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 
290 aa  138  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
303 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 
300 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
305 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 
303 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 
299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 
300 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
300 aa  135  9e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  37.4 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.19 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
302 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
298 aa  132  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.69 
 
 
295 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.83 
 
 
298 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.83 
 
 
298 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.83 
 
 
298 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.58 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.58 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 
297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 
305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 
311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
299 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  38.34 
 
 
317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 
303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 
300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.32 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 
316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 
324 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
311 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
303 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.54 
 
 
290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  30.95 
 
 
294 aa  126  6e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  31.05 
 
 
294 aa  125  7e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
303 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
293 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
305 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  36.11 
 
 
290 aa  125  9e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 
304 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
310 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
299 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.72 
 
 
315 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
326 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
326 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
326 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.038308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>