More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4722 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  75.77 
 
 		 297 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 300 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  46.57 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 294 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 294 aa  195  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.25 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 321 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 287 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 386 aa  119  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 290 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.71 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 288 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.18 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 294 aa  99  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 291 aa  99  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 299 aa  99  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  28.76 
 
 		 317 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  29.1 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  28.43 
 
 		 319 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  28.76 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 299 aa  94.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.28 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.96 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 295 aa  89.4  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 290 aa  89.4  7e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.54 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.54 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 286 aa  88.2  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.54 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 334 aa  88.2  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 321 aa  87.4  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 336 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>