More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3415 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 386 aa  770    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 300 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.67 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 293 aa  159  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 287 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 287 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 290 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 287 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 293 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 292 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 291 aa  146  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 318 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 318 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 316 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 316 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.09 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 288 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 294 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 300 aa  137  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 291 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 290 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 290 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 301 aa  133  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 286 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  37.45 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  37.45 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 293 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 291 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 289 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 291 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 284 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 290 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 		 290 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 320 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  30.84 
 
 		 323 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 292 aa  106  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 292 aa  105  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  30.84 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.62 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 322 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 294 aa  104  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 322 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.9 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  27.9 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 292 aa  103  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 293 aa  102  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 293 aa  102  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4535  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 312 aa  102  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  31.25 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>