More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1151 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  593  1e-168  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 314 aa  179  8e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  43.61 
 
 		 699 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 295 aa  155  9e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 288 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  31.06 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  33.33 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  30.68 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  33.33 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.33 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  31.06 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  31.06 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  30.68 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  32.81 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.83 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  29.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>