More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1293 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  596  1e-169  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 699 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 290 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  25.78 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  25.44 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  25.44 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  25.44 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  25.44 
 
 		 299 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  30.58 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 315 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  29.07 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.24 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  25.82 
 
 		 316 aa  112  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 320 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 293 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 283 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 283 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.95 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.61 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  25.95 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  27.34 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  26.76 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.03 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2329  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  25.76 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 327 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 303 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 301 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 283 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>