More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1757 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  595  1e-169  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  28.38 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 699 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 288 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.38 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  24.83 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 349 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 347 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 348 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  22.45 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.91 
 
 		 325 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 294 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 361 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.65 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5461  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.151459  normal  0.0638444 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 325 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 298 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 295 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.86 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  23.75 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  28.57 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1656  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.191617  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 342 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  24.39 
 
 		 343 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 342 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>