More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3174 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  610  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 315 aa  241  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  29.1 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 343 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  28.52 
 
 		 317 aa  125  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 317 aa  115  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.91 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.81 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 302 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  98.2  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  23.05 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 294 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.68 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 302 aa  94.7  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.47 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  25.47 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  25.47 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  25.58 
 
 		 332 aa  93.2  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  30.81 
 
 		 312 aa  92.8  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.09 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 300 aa  92  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1975  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  25.08 
 
 		 289 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.59 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  23.95 
 
 		 308 aa  90.1  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>