More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5761 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.46 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 343 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 316 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  28.63 
 
 		 305 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 316 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.95 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  31.15 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  29.32 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 316 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  27.8 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1026  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 292 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  31.61 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  92.8  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 292 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 307 aa  92.4  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.3 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 334 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 327 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 297 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.71 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.91 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 337 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  32.61 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  32.61 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 316 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 322 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 369 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 306 aa  85.9  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 316 aa  85.9  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.5 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>