More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1368 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  63.76 
 
 		 304 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  62.71 
 
 		 304 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  44.82 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  44.15 
 
 		 305 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 320 aa  232  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  43.65 
 
 		 317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  43.65 
 
 		 317 aa  215  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.67 
 
 		 315 aa  185  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 343 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.81 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.18 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  27.12 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.78 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.78 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.33 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 338 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 338 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 298 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 332 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 332 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 419 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.41 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 303 aa  102  8e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>