More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0234 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  90.1 
 
 		 304 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  63.82 
 
 		 317 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  63.82 
 
 		 317 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  59.27 
 
 		 314 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  51.17 
 
 		 305 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  50.5 
 
 		 305 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  49.34 
 
 		 309 aa  302  6.000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  48.36 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 307 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 		 308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 		 318 aa  229  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  38.59 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  38.98 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 343 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.67 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.19 
 
 		 312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.72 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 315 aa  93.2  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 308 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 328 aa  92.4  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 299 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 417 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 326 aa  90.1  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.65 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.5 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 297 aa  89.4  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.5 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  24.5 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.5 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.5 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.5 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.5 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4019  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  24.09 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.16 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 331 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 419 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  85.9  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 318 aa  85.5  9e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.14 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 364 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.88 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  25 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>