More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1678 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  637    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 306 aa  231  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 328 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.59 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.27 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 305 aa  119  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.04 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.16 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.83 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 294 aa  110  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.82 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 331 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 317 aa  102  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.61 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.09 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.96 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  25.96 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  25.96 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.66 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.96 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.96 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.55 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.96 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.96 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.96 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 298 aa  99.4  7e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 303 aa  99  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 299 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.62 
 
 		 307 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 292 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.09 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 329 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 333 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  33.52 
 
 		 303 aa  97.1  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.13 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.88 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0898  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 324 aa  96.3  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189766  normal  0.288462 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 313 aa  95.9  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 306 aa  95.9  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 319 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>