More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1472 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  98.67 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 308 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 307 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 343 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.68 
 
 		 312 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.07 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  32.13 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  32.13 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.89 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  35 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  35.27 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 316 aa  99  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 369 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  94  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 318 aa  92.8  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 321 aa  92.4  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 321 aa  92.4  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 320 aa  92.4  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.73 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.73 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 317 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  26.73 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.73 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.73 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.73 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.73 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 		 313 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 314 aa  89  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.16 
 
 		 411 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.16 
 
 		 411 aa  88.6  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 406 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 392 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.15 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.15 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.15 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  34.44 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 337 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 313 aa  86.7  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.05 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 315 aa  86.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 322 aa  86.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  30.39 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 314 aa  86.3  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 434 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 320 aa  85.9  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  33.71 
 
 		 313 aa  85.9  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  33.15 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>