More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4014 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  619  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  63.95 
 
 		 294 aa  368  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 300 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.48 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 320 aa  119  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 307 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  34.8 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  33.06 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  32.24 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  34.46 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 317 aa  106  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.15 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 301 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 315 aa  96.7  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 300 aa  95.9  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 300 aa  95.9  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  32.64 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  31.72 
 
 		 312 aa  93.6  4e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 332 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  41.8 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 304 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  24.51 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 320 aa  90.1  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 307 aa  89.7  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  28.93 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1033  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 331 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  28.26 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.17 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1877  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 291 aa  86.7  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.018924  normal  0.0294674 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 317 aa  86.3  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 284 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 328 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 292 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 338 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 338 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3242  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.783996  normal  0.606563 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15240  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000000000510266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>