More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0215 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  62.58 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  62.58 
 
 		 317 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  59.27 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  54.64 
 
 		 315 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  52.82 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  52.49 
 
 		 309 aa  322  5e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 311 aa  317  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  50.83 
 
 		 305 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  50.5 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 312 aa  247  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 318 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  43 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  42.32 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.92 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.71 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.96 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4019  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2844  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 327 aa  96.7  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 306 aa  95.9  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 326 aa  95.9  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 434 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.58 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.58 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.58 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.58 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 415 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.58 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  25.58 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.58 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 299 aa  92.8  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.25 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  25.73 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 419 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 313 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 417 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 406 aa  89.7  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 307 aa  90.1  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  21.02 
 
 		 292 aa  89.7  6e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  21.02 
 
 		 292 aa  89.7  6e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>