More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6554 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 415 aa  825    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  72.95 
 
 		 419 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  71.39 
 
 		 417 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 408 aa  366  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  50.25 
 
 		 397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  47.91 
 
 		 397 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  47.91 
 
 		 397 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 397 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  44.36 
 
 		 411 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.36 
 
 		 411 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 434 aa  337  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 392 aa  326  6e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 406 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 417 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 414 aa  246  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 481 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  33.25 
 
 		 404 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 426 aa  191  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  32.59 
 
 		 435 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 400 aa  168  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 383 aa  157  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 325 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 331 aa  143  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 421 aa  142  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 419 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 320 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 316 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 328 aa  136  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 306 aa  130  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 351 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 321 aa  127  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 410 aa  123  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 314 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  31.21 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 320 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 369 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 319 aa  120  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 327 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  31.21 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  31.21 
 
 		 302 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 315 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 309 aa  117  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 306 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 326 aa  116  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 315 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 318 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 317 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  30.55 
 
 		 310 aa  111  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 310 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 314 aa  110  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.4 
 
 		 298 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  30.47 
 
 		 284 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 317 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  29.06 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 321 aa  107  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.53 
 
 		 290 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 312 aa  107  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 322 aa  106  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>