More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5745 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 331 aa  670    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  48.61 
 
 		 302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 316 aa  258  8e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 320 aa  256  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  44.09 
 
 		 319 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 328 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 		 325 aa  242  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 320 aa  232  6e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 316 aa  231  9e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 316 aa  231  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 316 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 316 aa  229  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 316 aa  228  9e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 316 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 326 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  37.4 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 315 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 419 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 312 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 312 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 351 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 417 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 317 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 318 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 417 aa  143  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 415 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 397 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 434 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  30.77 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  31.33 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  33.09 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  31.07 
 
 		 284 aa  136  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 406 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 354 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>