More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0457 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  668    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  64.76 
 
 		 320 aa  395  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  50.83 
 
 		 319 aa  315  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 316 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 331 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 316 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  48.04 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 316 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 316 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 320 aa  291  8e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  45.66 
 
 		 316 aa  288  8e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 316 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 316 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 314 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 314 aa  273  3e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 316 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  42.15 
 
 		 331 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  43.49 
 
 		 302 aa  248  9e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 317 aa  223  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 321 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 315 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  37.41 
 
 		 315 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 315 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 326 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 321 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1141  transcriptional regulator  39.09 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 339 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 351 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 356 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 419 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 417 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 417 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 318 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 319 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 327 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 318 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 314 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 415 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 414 aa  142  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 369 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 434 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 397 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 323 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 313 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 327 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 313 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>