More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3004 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  627  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  96.82 
 
 		 314 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  71.57 
 
 		 316 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  69.48 
 
 		 331 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  69.13 
 
 		 316 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  69.26 
 
 		 316 aa  431  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  68.81 
 
 		 316 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  69.13 
 
 		 316 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  68.27 
 
 		 316 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  67.95 
 
 		 316 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  67.2 
 
 		 316 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  64.54 
 
 		 319 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 320 aa  385  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 320 aa  317  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  51.28 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 328 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1141  transcriptional regulator  58.64 
 
 		 319 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  41.78 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 331 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 312 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 326 aa  209  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 315 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 315 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 335 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 327 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 318 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 318 aa  152  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 312 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2353  galactose-binding protein regulator  55.64 
 
 		 138 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 314 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 320 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 341 aa  135  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 417 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 415 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 337 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>