More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2832 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  99.05 
 
 		 315 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  93.65 
 
 		 315 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 321 aa  346  4e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 299 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 304 aa  225  7e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 331 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 316 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 316 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 316 aa  209  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  42.35 
 
 		 314 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  42.35 
 
 		 314 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 312 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 339 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 328 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 318 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  36.4 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 356 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 321 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3902  transcriptional regulator LysR family  31.8 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 326 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 333 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 319 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 341 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 327 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1141  transcriptional regulator  42.05 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 415 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 321 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 417 aa  115  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 328 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>