More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4248 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  622  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 316 aa  262  6.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3902  transcriptional regulator LysR family  46.42 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 335 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 326 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 316 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  33.09 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 335 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 331 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  30.18 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 318 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 397 aa  105  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2501  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 328 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 326 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 406 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 397 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 356 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 323 aa  99.4  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 397 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  30.7 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 325 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 329 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 329 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 296 aa  96.3  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 314 aa  95.9  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 341 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5165  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 324 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.83004  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>