More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5165 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5165  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 324 aa  650    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.83004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1527  LysR family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 326 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.607461 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0898  LysR family transcriptional regulator  80.56 
 
 		 324 aa  503  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189766  normal  0.288462 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6408  transcriptional regulator, LysR family  48.88 
 
 		 319 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 318 aa  138  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 314 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 314 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 312 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 323 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 331 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 319 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.52 
 
 		 295 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 322 aa  106  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 328 aa  105  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2311  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283875 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 305 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.57 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3239  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.88 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 339 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5511  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.08 
 
 		 345 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.12 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 331 aa  99.4  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 325 aa  99.4  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3436  DNA-binding transcriptional activator TdcA  24.2 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.716587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.33 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 323 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 333 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 313 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3603  DNA-binding transcriptional activator TdcA  24.2 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.835154 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.94 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02936  hypothetical protein  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.32 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 326 aa  97.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3507  DNA-binding transcriptional activator TdcA  24.2 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3540  DNA-binding transcriptional activator TdcA  24.2 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0279339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3433  DNA-binding transcriptional activator TdcA  24.2 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>