More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3111 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 300 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  95.33 
 
 		 300 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  65.2 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  48.64 
 
 		 318 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 307 aa  252  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 338 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 332 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 414 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 408 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 322 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.08 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  32.08 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.35 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.76 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.76 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.16 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.76 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.18 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 331 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 481 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  29.2 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 397 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 406 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 351 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.38 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.04 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 320 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>