More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0720 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  590  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  72.11 
 
 		 299 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 300 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.34 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 307 aa  235  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 309 aa  218  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 328 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 338 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  29.35 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 305 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 325 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 406 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 317 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  25.52 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.86 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.33 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.33 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.33 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.35 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 328 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 329 aa  105  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 314 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.78 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.08 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  27.78 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  24.07 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 312 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 415 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 341 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 481 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 320 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 297 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>