More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5135 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  584  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  65.98 
 
 		 296 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  63.23 
 
 		 305 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  62.89 
 
 		 296 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 305 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 309 aa  155  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1919  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.38 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1029  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.850278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.32 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.57 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.57 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 331 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 339 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.55 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.61 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 351 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 314 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  34.96 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 338 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 338 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.6 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.91 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3299  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0793122  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 318 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 406 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 356 aa  99.8  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 314 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 318 aa  99  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 313 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 419 aa  98.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 415 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 338 aa  98.2  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 334 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.72 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 314 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 314 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 332 aa  96.3  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.49 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.49 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 323 aa  96.7  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.49 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 332 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 306 aa  96.3  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 332 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5247  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 323 aa  95.9  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614606  normal  0.32448 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 309 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 293 aa  95.5  9e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>