More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1380 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  50.65 
 
 		 318 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.26 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 300 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 300 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1919  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 414 aa  126  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  32.38 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 406 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 481 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 320 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 315 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 338 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 338 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 417 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 435 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 434 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 318 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3902  transcriptional regulator LysR family  29.67 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 322 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 404 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>