More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_03234 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  100 
 
 		 435 aa  853    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 383 aa  296  6e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 404 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  34.79 
 
 		 400 aa  234  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 417 aa  230  5e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 419 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 426 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 414 aa  192  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 481 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 421 aa  180  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 417 aa  178  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 408 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  33.42 
 
 		 419 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 415 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 434 aa  173  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 397 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 397 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 397 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 397 aa  159  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.06 
 
 		 411 aa  149  7e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 411 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 351 aa  127  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 384 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 410 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 369 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 316 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.69 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 309 aa  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 337 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 328 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  30 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 327 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 307 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 325 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 314 aa  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 321 aa  107  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.48 
 
 		 298 aa  106  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 302 aa  106  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  28.98 
 
 		 302 aa  106  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 302 aa  106  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 302 aa  106  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 302 aa  106  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 321 aa  106  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 302 aa  106  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  25.76 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 302 aa  106  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 302 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 320 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  25.76 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 325 aa  104  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 304 aa  103  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 310 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 339 aa  103  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 312 aa  103  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 306 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 312 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 306 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 310 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 306 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 306 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  26.57 
 
 		 284 aa  99.8  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.05 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 323 aa  99.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  31.22 
 
 		 302 aa  99  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 310 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.57 
 
 		 306 aa  99  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  98.6  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 314 aa  98.6  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 299 aa  99  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 317 aa  98.6  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 321 aa  98.6  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 328 aa  98.2  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 306 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 320 aa  97.8  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 314 aa  97.8  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  27.39 
 
 		 309 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 321 aa  97.1  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 318 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.51 
 
 		 300 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>