More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_5938 on replicon NC_011366
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  93.77 
 
 		 305 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  81.21 
 
 		 316 aa  489  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  74.75 
 
 		 302 aa  450  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  74.42 
 
 		 302 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  73.51 
 
 		 304 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  69.86 
 
 		 284 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 321 aa  317  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 369 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 330 aa  241  7.999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 328 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  42.24 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 337 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 312 aa  223  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 		 314 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  38.89 
 
 		 310 aa  211  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  43.09 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  43.09 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 328 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 328 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  43.14 
 
 		 334 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  43.14 
 
 		 334 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  43.14 
 
 		 334 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 328 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  38.16 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  43.6 
 
 		 454 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 325 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 333 aa  201  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 322 aa  201  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.69 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 297 aa  186  6e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  34.67 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.33 
 
 		 319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  34.67 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  34.67 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  34.67 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  34.67 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  35.71 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 317 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 339 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  32.67 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  35.53 
 
 		 275 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 331 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 331 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.44 
 
 		 325 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 328 aa  136  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 414 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 320 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 417 aa  133  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.37 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.23 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.04 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 316 aa  126  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  125  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.92 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 404 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 415 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>