More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4463 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 317 aa  606  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  52.15 
 
 		 314 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  51.82 
 
 		 314 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 317 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  50.32 
 
 		 319 aa  254  9e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.21 
 
 		 325 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  44.41 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  44.41 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  44.41 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  44.41 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  44.41 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 339 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  42.33 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  42.33 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42 
 
 		 307 aa  228  7e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 307 aa  228  7e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  42 
 
 		 307 aa  228  7e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 328 aa  222  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 337 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 369 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  43.9 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 328 aa  205  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 328 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 328 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 333 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 325 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.64 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.64 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.31 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  41.31 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  41.31 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  43.06 
 
 		 454 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  36.18 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 312 aa  175  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  35.86 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 310 aa  169  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  36.14 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  38.15 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  37.77 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.97 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  35.61 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  36.22 
 
 		 275 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  35.24 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.62 
 
 		 411 aa  112  9e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 392 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.62 
 
 		 411 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 323 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  32.44 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 314 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 314 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.42 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  38.34 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  40.1 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 404 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 325 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 320 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>