More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3572 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 322 aa  627  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 314 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 316 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 328 aa  209  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  42.02 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 330 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 328 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  37.97 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 327 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 317 aa  202  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  37.63 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  40.21 
 
 		 284 aa  198  7.999999999999999e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.46 
 
 		 325 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 369 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  39.81 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  39.81 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  39.81 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  39.81 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  39.81 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 310 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  39.35 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.09 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  39.64 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  35.78 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  38.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  38.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  38.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  38.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  38.38 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  40.07 
 
 		 454 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.92 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  34.92 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  39.2 
 
 		 275 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 331 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 417 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 314 aa  126  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 404 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 316 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 406 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 397 aa  122  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>