More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3439 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  630  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  33.69 
 
 		 304 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 321 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 325 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 325 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 326 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 316 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 331 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 318 aa  126  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 321 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  28.53 
 
 		 335 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 316 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2020  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.257834  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2311  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.62 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 315 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 315 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  30.5 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 332 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 317 aa  115  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  29.93 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 339 aa  112  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  28.72 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 337 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 341 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4418  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3983  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 330 aa  109  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 481 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>