More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2349 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  81.64 
 
 		 308 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  76.97 
 
 		 313 aa  458  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 313 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  58.77 
 
 		 312 aa  353  2e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 317 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 312 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 331 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 316 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 316 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 321 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 321 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 328 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 326 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 304 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.36 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 315 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 328 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  30.53 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.24 
 
 		 325 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 310 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  32.04 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  32.04 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  32.04 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  32.04 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  32.04 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 315 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 327 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  28.57 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>