More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2833 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  98.14 
 
 		 323 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  98.4 
 
 		 317 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 314 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  54.19 
 
 		 322 aa  350  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 317 aa  282  7.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 314 aa  229  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  39.42 
 
 		 335 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 333 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 321 aa  209  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 341 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 331 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 316 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 316 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 325 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 331 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 326 aa  152  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 328 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 327 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 314 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 314 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  32.73 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  30.9 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 356 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.48 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 351 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 419 aa  123  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  30.38 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  30.38 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  30.38 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  30.38 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  30.38 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  31.61 
 
 		 310 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 310 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  30.61 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>