More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2539 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  99.03 
 
 		 308 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  94.12 
 
 		 306 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  56.39 
 
 		 305 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 318 aa  302  4.0000000000000003e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 327 aa  257  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 313 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 315 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 315 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 339 aa  145  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 321 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 333 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 335 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 332 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  32.28 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 326 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 315 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 356 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3902  transcriptional regulator LysR family  27.12 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 328 aa  109  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 306 aa  108  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 315 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  32.09 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6408  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 319 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>