More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1954 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  72.08 
 
 		 356 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  76.97 
 
 		 323 aa  458  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  76.95 
 
 		 308 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  64.17 
 
 		 313 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 312 aa  381  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 331 aa  190  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 317 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 316 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 316 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 316 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 316 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 331 aa  175  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  35.86 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 335 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  31.38 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 333 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 318 aa  144  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 314 aa  142  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 369 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 341 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 326 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  29.8 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  29.8 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 415 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 417 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 305 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>