More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4979 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  627  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  65.92 
 
 		 316 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  65.61 
 
 		 316 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  64.72 
 
 		 315 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 339 aa  345  8e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 312 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  38.38 
 
 		 315 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 327 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 341 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 321 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 316 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 316 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 316 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 317 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 314 aa  149  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  33.22 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 328 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 334 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 335 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 331 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 356 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 321 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 315 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4418  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 322 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.05 
 
 		 304 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1029  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.850278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 328 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 328 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 318 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5165  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 324 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.83004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>