More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6812 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 321 aa  643    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  79 
 
 		 341 aa  502  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  77.36 
 
 		 325 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  76.1 
 
 		 354 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 320 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 315 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 417 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 356 aa  142  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 312 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 311 aa  135  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 331 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 331 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 337 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 327 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 328 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 417 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 369 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 419 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 397 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 414 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  33.55 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  33.55 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  33.55 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  33.55 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  33.55 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  34.45 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 408 aa  115  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 397 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 314 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 333 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  32.14 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3902  transcriptional regulator LysR family  29.2 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6408  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 426 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 333 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>